Jemaat GKI Kelapa Cengkir merupakan jemaat yang cukup cepat menuju pendewasaannya. Bermula tatkala jemaat GKI Menteng pada tahun 1984 menganggap perlu menghadirkan pos kebaktian di pemukiman baru dipinggiran kota metropolitan Jakarta, di mana banyak pasangan-pasangan muda lebih suka memilih pemukiman-pemukiman baru sebagai tempat hunian mereka.
Dari sekian banyak pemukiman, dipilihlah rumah keluarga Gandi O. Wirawan, di Jl. Kelapa Cengkir Barat I/FH, sebagai tempat kebaktian pada setiap hari Minggu. Visi jemaat GKI Menteng ternyata benar, karena dalam waktu yang amat singkat berkembanglah Pos Kebaktian tersebut, yang ditandai dengan makin bertambahnya pengunjung kebaktian pada setiap hari Minggu. Sungguh, merupakan hal yang amat menggembirakan, mengingat pertumbuhan jemaat yang begitu pesat, sementara kita jumpai pos-pos kebaktian jemaat lain justru mengalami kesulitan dalam proses pertumbuhannya. Untuk mewadahi pertambahan hadirin dalam ibadah yang semakin banyak, kebaktian dilaksanakan dengan kontrak satu rumah di Jl. Kelapa Cengkir Barat VI (Hoek) dan blok FN2/21. Puji Tuhan terkumpul dana untuk membeli rumah di Kelapa Cengkir Barat IV FK1/1.
Dalam perkembangan selanjutnya, muncul gagasan memproses pos kebaktian yang semakin berkembang ini menjadi bakal jemaat, yang di kemudian hari dapat didewasakan. Kendati pernah mengalami ketegangan-ketegangan dengan induknya atas berbagai macam pertimbangan, pos kebaktian ini tak mungkin dihambat untuk berkembang menjadi bajem, yang kemudian berkembang menjadi dewasa. Proses tersebut berlangsung dalam pembicaraan di lingkungan klasis Jakarta I, baik dalam BPMK-nya, lewat pelawatan-pelawatan yang intensif, maupun Persidangan X Majelis Klasis GKI jateng Klasis Jakarta I, dan akhirnya berhasil didewasakan pada tanggal 9 September 2000 dengan lokasi gedung gerejanya di Jl. Kelapa Cengkir IV Blok FK I/1, Kelapa Gading Permai, Jakarta Utara 14240.
Selanjutnya, kiprah GKI Kelapa Cengkir yang telah menjadi dewasa ini amat ditentukan oleh sejauh mana kesungguhan jemaat ini menghadapi tantangan dalam milenium III di kota metropolitan Jakarta dengan berbagai permasalahannya yang kompleks. Sejarahlah yang akan menjadi penilai terhadap keberhasilan atau kegagalan jemaat ini dalam mengarungi kehidupan bergerejanya. Untuk itulah diperlukan seorang gembala untuk melayani jemaat ini, sehingga pada tanggal 9 September 2002 Sdr. Samuel Christiono ditahbiskan sebagai pendeta GKI dengan basis pelayanan di jemaat GKI Kelapa Cengkir.