Sebuah gereja mungil di kompleks perumahan
Kelapa Cengkir Barat…
Embrio dari GKI Kelapa Cengkir berawal pada tahun 1984, ketika GKI Menteng melihat kebutuhan untuk menghadirkan pos kebaktian di daerah pemukiman baru yang banyak dihuni oleh pasangan muda, khususnya di pinggiran Jakarta. Dari berbagai pilihan, akhirnya dipilihlah Kelapa Gading Permai.
Persekutuan ini bertumbuh menjadi sebuah kebaktian yang dihadiri 25-30 orang dengan menyewa sebuah rumah yang disiapkan oleh Tuhan di sudut jalan Kelapa Cengkir 6. Setahun kemudian, tahun 1987, pengunjung kebaktian Minggu untuk umum bertambah menjadi 30-40 orang.
Kegiatan lain pada saat itu ialah Sekolah Minggu yang mempunyai dua kelas dengan jumlah murid sekitar 10 anak, kelas pra remaja dengan jumlah murid 3 orang, Pemahaman Alkitab dan persiapan guru Sekolah Minggu. Ternyata campur tangan Tuhan tidak berhenti di situ saja. Ia berkenan melipatkan jumlah pengunjung kebaktian Minggu, bahkan memberikan sebuah rumah untuk dapat dimiliki sebagai tempat bersekutu di Jalan Kelapa Cengkir 4.
Seiring berjalannya waktu, persekutuan sungguh-sungguh diwujudkan, kesaksian dan pelayanan semakin ditingkatkan sehingga gereja dapat menjadi berkat bagi masyarakat sekitar atau Jakarta pada umumnya.
Berkat Tuhan tidak hanya dalam wujud sarana; oleh karena penyertaanNya, sehingga jumlah anak-anak Sekolah Minggu bertambah dan memiliki tiga kelas Sekolah Minggu.
Kehadiran pengunjung kebaktian Minggu juga bertambah pesat sehingga dibuatlah dua kali jam kebaktian yaitu pagi dan sore. Sekitar tahun 1996, jumlah remaja bertambah menjadi lebih dari 75 orang.
Seiring dengan perkembangan tersebut, muncul gagasan untuk memproses pos kebaktian ini menjadi bakal jemaat, yang suatu hari nanti bisa didewasakan. Tahun 1998, ketika Indonesia sedang menghadapi krisis ekonomi dan politik, Bakal Jemaat Kelapa Cengkir berani membangun gedung gereja, meskipun dengan dana yang terbatas dan gejolak ekonomi yang tidak menentu. Akhirnya dengan berkat Tuhan, jadilah gedung gereja yang ada saat ini.
Melalui pembicaraan di lingkungan Klasis Jakarta I, baik dalam pertemuan-pertemuan resmi maupun kunjungan intensif, akhirnya pos kebaktian ini didewasakan pada 9 September 2000. Lokasi gedung gereja berada di Jl. Kelapa Cengkir IV Blok FK I/1, Kelapa Gading Permai, Jakarta Utara.
Untuk melengkapi pelayanan GKI Kelapa Cengkir, Tuhan telah mengirimkan hambanya Sdr. Samuel Christiono, yang pada tanggal 9 September 2002 ditahbiskan menjadi Pendeta GKI dengan Basis Pelayanan GKI Kelapa Cengkir, Jakarta.
Setelah melayani selama lebih dari 8 tahun Pdt. Samuel Christiono menyatakan pergumulannya untuk melayani di GKI Darmo Permai. Melalui pergumulan bersama dengan Majelis Jemaat GKI Kelapa Cengkir akhirnya GKI Kelapa Cengkir merasa perlu untuk mencari pendeta pengganti agar pelayanan di GKI Kelapa Cengkir dapat tetap berjalan.
Melalui jemaat GKI Kelapa Cengkir, Tuhan memberikan tempat pelayanan yang baru bagi Pendeta Agustinus Kermite. Kerinduannya untuk terus melayani selagi hari masih siang, mendorong Pendeta Agustinus Kermite untuk menerima pemanggilan jemaat GKI Kelapa Cengkir. Pada 4 Mei 2009, Pendeta Agustinus Kermite diteguhkan sebagai Pendeta GKI yang berbasis (pelayanan) pada (di) jemaat GKI Kelapa Cengkir. Setelah peneguhan tersebut, tepat pada tanggal 8 Juni 2009 Pdt. Samuel Christiono pindah ke GKI Darmo Permai.
Pada hari Senin, 08 September 2014 diadakan Kebaktian Emeritasi atas diri Pdt. Agustinus Kermite dengan tema Kebaktian: “Aku Akan Tetap Melayani Selama DIA Memberi Kesempatan”. Sambil mempersiapkan penahbisan Pendeta maka Pdt. Em. Agustinus Kermite masih melayani sampai dengan bulan April 2016 dengan dibantu Pendeta Konsulen Jemaat yaitu Pdt. Gatot Pujo Tamtama terhitung mulai 01 Januari 2015 sampai dengan dibantu dengan 19 September 2016.
Pdt. Winner Pananjaya akhirnya ditahbiskan menjadi Pendeta Jemaat dengan basis pelayanan GKI Kelapa Cengkir Jakarta pada hari Senin, 19 September 2016. Pdt. Gatot Pujo Tamtama akhirnya diteguhkan menjadi Pendeta Jemaat dengan basis pelayanan GKI Kelapa Cengkir Jakarta pada hari Selasa, 02 Oktober 2018.
Kiranya Tuhan Yesus Kristus sebagai Raja Gereja akan senantiasa menganugerahkan hikmat dan kekuatan sehingga GKI Kelapa Cengkir Jakarta semakin dimampukan untuk menjawab tugas panggilan Gereja berdasarkan teladan kehidupan Tuhan Yesus sendiri.